درمجموعه فعالیت های کمیسیون از ابتدا تاکنون همواره تلاش شده و می شود تا اصول اساسی زیر رعایت گردد:

1-استقلال

2-بی طرفی

3- احترام به انسانیت و اهتمام به حقوق آحاد بشر

4- اعتدال

5- تعامل و همکاری منطقی

6- رویکرد کاملا تخصصی و دانش بنیان و مستند محور به حقوق بشر

7-همیاری و مشارکت همه جانبه داوطلبانه

8-حرکت عام المنفعه و پرهیز از هر گونه فعالیت سیاسی یا تجاری و اقتصادی و منفعت محور

9- باور به اینکه اخلاق و معنویت و ارزشهای دینی پشتوانه مهمی برای قواعد حقوقی منصفانه و عادلانه هستند

10- فعالیت تخصصی همزمان در سه قلمرو حقوق بشر از دیدگاه اسلام، موازین بین المللی و نظام حقوقی ایران با رویکرد بهره مندی مستمر از ظرفیت های سنت و تلاش نواندیشانه در جهت پالایش سنت و پاسخ به نیازهای روز